豆芽发芽时需要温度、水分和氧气，而光线会导致豆芽发生光合作用，消耗豆芽的营养物质，影响豆芽的生长和品质。豆芽在发芽初期容易受到外界的细菌污染，避免光照也可以减少细菌生长的可能性。做豆芽时需要放在阴凉处，避免直接接触阳光和强光线。
发好的新鲜豆芽最合适的保存方式是预处理后密封放冰箱冷藏，可保存2-3天保持脆嫩新鲜，无冷藏条件可临时用凉白开浸泡短存，不建议冷冻保存。之后把包装好的豆芽放进冰箱冷藏室中层存放，尽量不要贴在冰箱内壁，避免温度过低冻伤豆芽影响口感，这样存放能保持2-3天的新鲜度。
