肠道菌群可以分为三类：有益菌、中性菌和有害菌。有益菌包括乳酸杆菌、双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等，它们能够消化食物、产生营养物质、抗菌等，对人体有益。中性菌是指在肠道内生长繁殖但不产生明显的影响的细菌，如普通大肠杆菌。有害菌包括沙门氏菌、大肠杆菌O157等，它们能够引起肠道感染疾病。
肠道的主要功能是消化吸收、屏障防护、免疫调节三个。肠道黏膜形成了一道天然防护屏障，能够阻挡食物带入的有害病菌、毒素，以及未完全分解的大分子异物进入人体血液循环，避免这些有害物质对其他器官组织造成侵害，维持身体内环境的稳定。
