相同来源的前提下，鱼皮的胶原蛋白要比鱼鳞的更好。
1. 从胶原蛋白占比和本身结构来看，鱼皮作为鱼类的结缔组织，胶原蛋白能占到干重的70%-80%，且大多是和人体自身胶原蛋白结构匹配度很高的I型胶原蛋白，而鱼鳞里的胶原蛋白只占干重的20%-40%，大部分胶原蛋白还和鱼鳞中的钙、磷等矿物质牢牢结合，不仅提取难度大，最终得到的纯胶原蛋白含量也远低于鱼皮。
2. 从活性和人体吸收率来看，鱼皮胶原蛋白的提取过程更容易保留完整的三螺旋活性结构，这种结构完整的胶原蛋白进入人体后，分解出的氨基酸更容易被人体吸收，用来合成自身胶原蛋白的效率也更高。而提取鱼鳞胶原蛋白必须先做高强度脱钙处理，这个过程很容易破坏胶原蛋白原本的结构，导致胶原蛋白活性流失，最终的吸收利用率会比鱼皮胶原蛋白低不少。
3. 从日常食补或者成品补剂的实用性来看，日常自己吃鱼食补，鱼皮松软好消化，能直接吸收利用其中的营养，而鱼鳞质地坚硬，就算做成加工食品，能析出被人体吸收的胶原蛋白也很少，大部分都是不可消化的杂质。就算是加工成胶原蛋白补剂，同来源同价位的产品里，鱼皮胶原蛋白的有效含量也普遍高于鱼鳞来源的产品。
鱼皮和鱼鳞都是常见的来源于鱼类的胶原蛋白原料。3.味道：鱼皮胶原蛋白在提取过程中可能伴有一定的海洋气味，而鱼鳞胶原蛋白相对味道较轻。从纯度和含量角度来看，鱼鳞胶原蛋白可能更好一些。
