原位菌群失调三度可根据失调程度、临床可逆性以及是否造成器质性病变明确区分，具体如下：
1. 一度失调：属于轻度的一过性紊乱，仅为正常菌群内少数细菌的数量、比例发生暂时性改变，没有引发明显的临床症状，也不会对生理功能造成实质性影响，只要去除诱发因素（比如停用干扰菌群的药物），菌群就可以自行恢复正常，不需要额外特殊干预，临床最常见的单次服用广谱抗生素后出现的轻微排便不适，就属于一度失调。
2. 二度失调：已经发展为持续性的菌群结构异常，菌群比例失衡后无法自行逆转恢复，大多会伴随慢性炎症或功能异常类的临床症状，比如慢性腹泻、反复性的念珠菌性阴道炎都属于二度失调，即使去除了诱因，也需要针对性调理菌群才能恢复，也常被叫做比例失调。
3. 三度失调：是最严重的失调类型，原定居的正常菌群大部分已经被抑制，原本占比极低的致病菌或条件致病菌变成优势菌大量繁殖，已经会引发明确的器质性病变，也就是临床常说的二重感染，这种情况基本无法自行恢复，需要抗感染联合菌群调节才可以控制病情，比如长期大剂量用广谱抗生素后，艰难梭菌过度增殖引发的伪膜性肠炎就属于三度失调。
