对大多数日常调理肠道菌群、改善排便的需求来说，低聚木糖的效果要好于菊粉。
菊粉和低聚木糖都属于常见的益生元，核心作用都是给肠道有益菌提供养分，帮助有益菌繁殖，不过二者的结构和作用特点区别很大。菊粉属于长链可溶性膳食纤维，除了喂养有益菌，还能提供较强的饱腹感，适合控脂控糖期间需要额外补充膳食纤维的人群。但它分子量较大，不少肠胃敏感的人食用后容易出现腹胀、排气增多的不适情况。低聚木糖属于短链益生元，分子量很小，不会给肠胃造成额外负担，很少引发胀气不适，而且它增殖双歧杆菌的效率是菊粉的10倍以上，极小剂量就能达到不错的调理效果，更适合大多数人日常调理肠道使用。
二者没有绝对的好坏，选哪个主要看自身的需求，肠胃敏感、想要调理肠道菌群优先选低聚木糖，需要补充膳食纤维增加饱腹感可以选菊粉。
