低聚果糖并不能治疗腹泻。低聚果糖属于功能性低聚糖，也是市面上常见的益生元品类，它本身无法被人体直接分解吸收，主要作用是给肠道内的有益菌提供养分，帮助调节菌群平衡，并不具备止泻的药理作用，无法替代药物治疗感染性、器质性等类型的腹泻。
不少人吃低聚果糖后反而出现腹泻加重的情况，其实和多种因素相关。如果正处于急性腹泻发作期，肠道黏膜本就敏感脆弱，此时补充益生元会加快肠道蠕动，很容易加重排便次数增多的情况；如果本身肠道敏感度高，或是刚开始补充低聚果糖，肠道菌群调整的过程中蠕动加快，也会出现短暂的便稀，多数人适应几天后症状就会慢慢缓解，除此之外，单次补充剂量过大，会升高肠道渗透压，让更多水分进入肠道，也会引发类似腹泻的不适感。
发生腹泻后明确病因，急性发作期需遵医嘱对症处理，肠道调理阶段可以选择温和的益生元产品慢慢养护肠道环境。
