结肠炎是遗传易感性、免疫功能异常、感染及外界不良刺激共同作用导致的肠道炎症性疾病，不同类型的结肠炎核心诱因各有侧重，主要致病原因可分为以下几类。
1. 遗传因素
大部分慢性特异性结肠炎，比如常见的溃疡性结肠炎、克罗恩病，都存在明显的遗传倾向，直系亲属患病的人群发病率比普通人高出数倍，先天携带的易感基因会让肠道黏膜的抵抗力更弱，更容易出现炎症反应。
2. 免疫功能异常
这是慢性结肠炎发病的核心机制之一，多数慢性结肠炎属于自身免疫相关疾病，免疫系统会错误地将肠道自身组织判定为外来异物进行攻击，引发肠黏膜持续的炎症损伤，长期免疫低下或过敏状态也会提升结肠炎的发病概率。
3. 感染与外界刺激
这是急性结肠炎最常见的诱因，误食被细菌、病毒、寄生虫污染的食物水源后，病原体直接侵袭肠黏膜就会引发急性炎症；而长期高油高脂饮食、滥用抗生素、持续精神压力大、吸烟酗酒等习惯，会破坏肠道菌群平衡、损伤肠黏膜屏障，慢慢诱发慢性结肠炎。
