便秘口臭本质是便秘导致肠道内代谢废物潴留，有害物质被人体重吸收、异味气体上行反流以及肠道菌群紊乱这三类问题共同引发的。
1. 有害物质重吸收引发异味。便秘时粪便会长时间滞留在肠道中，原本应该排出体外的代谢废物和毒素无法及时排出，会逐渐被肠壁黏膜重新吸收进入血液循环，部分带有异味的物质会跟随血液循环到达肺部，在呼吸时从口腔散发出来，形成口臭。
2. 异味气体上行反流直接致臭。便秘会影响整个消化道的蠕动功能，不仅肠道动力不足，还容易引发胃排空减慢、胃食管反流等问题。堆积在肠道内的粪便会持续发酵，产生大量硫化氢、氨气等带有恶臭味的气体，这些气体无法向下顺利排出，就会顺着消化道向上反流，从口腔溢出，直接引发明显的口臭。
3. 肠道菌群失调加重产臭。长期便秘会打破肠道原有的菌群平衡，有害菌会大量增殖，有益菌数量明显减少。有害菌分解肠道内的食物残渣时，会产生更多带异味的代谢产物，这些产物一方面会进一步加重便秘，另一方面也会通过血液循环或者消化道上行，加重口臭症状，同时菌群紊乱也会影响整体消化功能，进一步增加口臭出现的概率。
