生产上种植马铃薯基本不用种子繁殖，只有培育新品种的时候才会用到马铃薯有性种子。
1，种子繁殖无法稳定保留原有品种的优良性状。目前商业化种植的马铃薯都是杂合度很高的四倍体，种子是有性繁殖的产物，基因重组后会发生严重的性状分离，长出的植株结的块茎性状五花八门，原本品种的高产、优质、抗病这些优点很难保留下来，大部分个体结的薯块大小不一、口感差，商品性根本不达标，满足不了规模化种植的要求。
2，种子繁殖生产周期长、产量低收益差。马铃薯种子播种后幼苗生长速度很慢，第一年大多只能长出纽扣大小的小种薯，达不到商品薯的收获标准，一般要再种一年才能正常收获，比直接用块茎繁殖多耗费一整年的时间成本，就算进入收获期，整体产量也比块茎繁殖低三成以上，对种植户来说完全不划算。
3，种子繁殖操作难度高、出苗稳定性差。马铃薯的种子体积非常小，千粒重才0.5克左右，不仅播种时很难控制播种密度，自然条件下播种后的发芽率也普遍不到50%，出苗后植株长势也参差不齐，后续间苗、除草、施肥的管理成本要比块茎繁殖高很多，整体性价比很低。
