阴沟肠杆菌偏好利用容易分解的小分子有机物，主要以简单糖类、氨基酸类等物质为能量和营养来源。
1. 最偏好的碳源物质是各类小分子碳水化合物，比如葡萄糖、蔗糖、乳糖等可溶性单糖、二糖，还有淀粉水解后的糊精等小分子多糖。它本身多分布在阴沟污水、人和动物的肠道中，环境中食物残渣、腐败动植物释放的这些小分子糖，是它最主要的能量来源。
2. 最喜欢的氮源营养是小分子含氮物质，比如游离氨基酸、小分子多肽、蛋白胨，也能利用尿素这类简单含氮物。它不需要分解复杂大分子蛋白就能直接利用这些小分子，在肠道中会利用宿主未完全消化吸收的蛋白质分解产物，在污水环境中则利用腐败有机物产生的游离氮源生长。
3. 还可以利用环境中腐败产生的各类小分子有机酸，比如乙酸、乳酸、琥珀酸等，甚至能在营养匮乏的环境中利用低浓度的有机腐殖质维持生存，对营养条件要求不高，只要有易分解的小分子有机物就能正常繁殖。
