胃肠节律紊乱主要是不良生活饮食习惯、情绪心理异常、疾病或药物刺激三类因素，单独或者共同作用引发的。
1. 不良生活饮食习惯影响。日常饮食长期不规律，经常饿一顿饱一顿、暴饮暴食，或是常吃生冷、辛辣、重油重刺激的食物，加上长期熬夜、久坐不动、抽烟酗酒，都会干扰胃肠道正常的收缩蠕动节奏，破坏原本稳定的胃肠节律。
2. 情绪心理因素干扰。胃肠运动受植物神经调控，长期处于高压状态、频繁焦虑抑郁，或是突然遭遇剧烈的情绪波动，都会打乱植物神经对胃肠运动的调节功能，进而引发胃肠节律紊乱，不少人紧张时就会拉肚子、便秘，就是这个原因导致的。
3. 基础疾病或药物刺激。本身患有慢性胃炎、肠易激综合征、甲状腺功能异常、糖尿病胃肠神经病变等疾病，会直接影响胃肠正常功能，打乱原有节律；长期服用抗生素、非甾体类抗炎药、部分降压药等对胃肠有刺激的药物，也会干扰胃肠正常运动节奏，诱发胃肠节律紊乱。
