肠道内益生菌种类繁多，目前已知的肠道内益生菌种类超过1000种。其中较为常见的包括双歧杆菌属（如双歧杆菌、长双歧杆菌等）、乳酸杆菌属（如嗜酸乳杆菌、短小乳杆菌等）、双歧链球菌属（如双歧链球菌B群等）、芽孢杆菌属（如屎肠球菌、硝酸盐还原屎肠球菌等）等。不同种类的益生菌对人体的益处也有所不同。
人类所有人群累计发现的肠道细菌种类超过1000种，单一个体肠道内稳定定植的细菌种类通常在160~200种左右。2.目前统计的千余种细菌里，大部分对人体是无害甚至有益的。3.目前我们对肠道细菌的认知还不完整。
