粪便中的细菌数量会因为不同的环境和人的健康状况而有所不同，但是粪便中细菌数量通常非常高，可能高达 1000 多个种类的细菌，总数可以达到数十亿甚至上百亿。其中绝大部分都是有益菌群，如肠道菌群，这些细菌有助于消化食物、合成营养物质，维持身体健康。但也有少量的潜在致病菌存在，如沙门氏菌等，需要特别注意。
人类所有人群累计发现的肠道细菌种类超过1000种，单一个体肠道内稳定定植的细菌种类通常在160~200种左右。2.目前统计的千余种细菌里，大部分对人体是无害甚至有益的。3.目前我们对肠道细菌的认知还不完整。
