肠道中存在的细菌包括大肠杆菌、肠球菌、厌氧菌等，其中一部分细菌是有益的，有助于消化和免疫系统的正常功能。也存在一些有害细菌，如沙门氏菌、志贺氏菌、霍乱弧菌等，它们可能引起肠道感染、腹泻、恶心、呕吐等症状。有害细菌多少取决于个体的饮食、卫生等习惯以及环境因素。
肠道的主要功能是消化吸收、屏障防护、免疫调节三个。肠道黏膜形成了一道天然防护屏障，能够阻挡食物带入的有害病菌、毒素，以及未完全分解的大分子异物进入人体血液循环，避免这些有害物质对其他器官组织造成侵害，维持身体内环境的稳定。
