目前已知存在的肠胃益生菌种类很多，通过分子生物学技术和各种培养方法，可以鉴定出上百种肠胃益生菌，其中较为常见的包括双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、链球菌、梭菌等。不同种类的肠胃益生菌在维护肠道健康、促进消化吸收等方面起到的作用也不尽相同。
人类所有人群累计发现的肠道细菌种类超过1000种，单一个体肠道内稳定定植的细菌种类通常在160~200种左右。2.目前统计的千余种细菌里，大部分对人体是无害甚至有益的。3.目前我们对肠道细菌的认知还不完整。
