全麦粉比小麦粉贵，本质是全链条生产成本更高，叠加市场供需和产品属性带来的溢价，最终售价更高。
1. 原料要求和加工成本更高。普通小麦粉只保留小麦的胚乳部分，麸皮、胚芽和杂质都会被筛出去，哪怕用等级稍低的小麦做原料，筛完也不影响成品品质，原料成本很低。但全麦粉要保留整粒小麦的所有成分，杂质、坏粒没法通过筛分去掉，只能挑优质无霉变的小麦做原料，原料采购成本就高了一截。加上麸皮质地硬、韧性大，磨粉的时候对设备损耗更大，还要额外增加几道研磨流程，加工费用也比普通小麦粉高很多。
2. 存储运输和损耗成本更高。普通小麦粉主要成分是淀粉，性质很稳定，常温下存三四个月都没问题，普通仓库就能放，运输也没特殊要求，几乎没什么额外损耗。但全麦粉带了含油脂的小麦胚芽，很容易氧化酸败，吃起来发苦变味，保质期通常只有普通小麦粉的一半甚至更短，不光要低温仓储、控温运输，厂家和商家还得承担卖不掉过期报废的风险，这些成本都会加到售价里。
3. 生产规模小，叠加健康属性溢价。普通小麦粉是日常主食刚需，常年大规模工业化生产，单位生产成本被摊得很低。而全麦粉属于小众健康食品，整体市场需求不大，多数品牌都是小批量生产，没办法像普通粉那样靠大规模生产压低成本。再加多数消费者买全麦粉是为了减脂控糖，普遍愿意为健康概念付更高差价，商家也会给这类产品定更高的溢价，最终售价比普通小麦粉高不少。
