沙门氏菌一般不会在健康人群的肠道中长期定植，免疫力低下人群、yingyou儿等特殊群体可能发生短期甚至长期定植，定植后会带来不同程度的健康风险。
1. 沙门氏菌要成功定植人肠道，必须先打破肠道原有的微生态屏障。健康人的肠道共生菌已经提前占据了肠黏膜的黏附位点，还会通过竞争营养、分泌短链脂肪酸等抑菌物质压制沙门氏菌的活性，通常只有大量摄入被沙门氏菌污染的食物或水，或是本身因为滥用抗生素、基础慢病等出现肠道菌群紊乱时，沙门氏菌才能获得空窗完成黏附定植。
2. 完成定植的沙门氏菌会根据定植量和个人免疫力，引发不同程度的健康问题。低量定植可能只是隐性带菌，没有明显的急性不适，但会持续向外排菌，成为隐匿的传染源；多数情况下定植后会引发急性胃肠炎，出现腹痛、腹泻、呕吐等典型症状，严重时沙门氏菌还会穿透肠黏膜进入血液循环，引发败血症、局部器官感染等全身重症。
3. 不同人群沙门氏菌定植的转归差异非常明显。健康成年人免疫力正常，即使发生定植，多数也能在1~4周内依靠自身免疫力和肠道菌群的自我恢复清除沙门氏菌，极少发展成慢性带菌；但yingyou儿、老年人、免疫缺陷人群、长期服用免疫抑制剂的群体，沙门氏菌定植后可能持续几个月甚至数年，发展为慢性带菌状态，这种情况需要遵医嘱规范使用抗菌药物干预，同时配合调节肠道微生态来帮助清除病菌。
