肠道当然有免疫功能，而且它是人体最重要的免疫器官之一，人体超60%的免疫组织都集中在肠道。
1. 肠道本身配备了完整的免疫结构防线。肠道黏膜不只是分隔肠内容物的屏障，其内部分布着大量专门的肠道相关淋巴组织，还聚集了人体70%左右的免疫细胞，能分泌特异性的分泌型免疫球蛋白A，可以直接黏附入侵的细菌、病毒，阻止它们附着侵入肠壁，在最前沿完成免疫防护。
2. 肠道共生菌群是肠道免疫功能不可缺少的组成部分。健康状态下，肠道中的有益菌会抢先占据肠黏膜表面的生存空间，挤压有害菌的繁殖位置，从根源上避免有害菌定植致病；同时有益菌的代谢产物还能刺激免疫系统发育成熟，帮助免疫细胞区分自身正常组织和外来病原体，避免免疫反应过度激活引发过敏、慢性炎症这类问题。
3. 肠道免疫还会联动调控全身的免疫状态。肠道中被激活的免疫细胞，会通过血液循环游走至全身其他部位，帮着建立全身的免疫防护网；如果肠道免疫功能失调，不光会引发肠炎、肠易激综合征这类肠道问题，还会波及全身，诱发过敏、自身免疫病甚至**等多种疾病，这也侧面印证了肠道免疫功能的核心作用。
