肠道本身可以通过自身的结构、分泌物和生理活动，主动调控肠道菌群的种类和数量，维持有益菌占优势的动态平衡。
1 依靠肠道屏障筛选定植菌群，从源头把控菌群结构。肠道内壁覆盖着分层黏液，内层黏液紧密贴合肠壁，能阻挡有害菌接触肠黏膜，外层黏液则为共生有益菌提供黏附位点和营养，给有益菌留出生存空间；同时肠道免疫系统还会分泌免疫球蛋白，精准抑制有害菌增殖，不会对共生有益菌产生过度攻击，逐步形成稳定的菌群构成。
2 利用消化分泌产物调节菌群的生长状态。从胃到肠道的分泌产物会层层筛选菌群：经口进入人体的外来有害菌，大部分会被高酸度的胃酸杀死，很难进入肠道下段定植；肠道分泌的胆汁酸、抗菌肽等物质，也能选择性抑制有害致病菌的繁殖，同时不会影响对消化有益的共生菌存活，把菌群整体的丰度控制在合理范围。
3 通过规律蠕动和排空避免菌群失衡。正常的肠道蠕动会持续推送肠道内容物往下走，那些繁殖过量、黏附在肠内容物上的有害菌，会跟随粪便定期排出体外，避免某一种菌群过度增殖挤占其他有益菌的生存空间；如果肠道蠕动变慢，粪便长期滞留，有害菌就会不断繁殖发酵，很容易打破原有的菌群平衡，这也侧面体现了蠕动排空对调节菌群的核心作用。
