肠道菌群主要利用的营养物质包括：膳食纤维、碳水化合物、蛋白质、脂肪等。其中，膳食纤维是肠道菌群主要的能量来源，被菌群中的纤维素酶分解成短链脂肪酸，如丙酸、丁酸等，供给肠道上皮细胞能量，并参与调节肠道功能；碳水化合物、蛋白质和脂肪也是肠道菌群的重要营养来源，被分解为不同的代谢产物，如氨基酸、脂肪酸、气体等，对肠道营养吸收和免疫调节起重要作用。
肠道的主要功能是消化吸收、屏障防护、免疫调节三个。肠道黏膜形成了一道天然防护屏障，能够阻挡食物带入的有害病菌、毒素，以及未完全分解的大分子异物进入人体血液循环，避免这些有害物质对其他器官组织造成侵害，维持身体内环境的稳定。
