据科学研究，肠道益生菌种类很多，近千种甚至更多。目前已经被鉴定为人类肠道益生菌的菌种有多达300种以上，其中最重要的几种包括双歧杆菌、乳酸菌、双歧链球菌、枯草杆菌等。不同种类的益生菌在人体内都有着不同的功能和作用。
人类所有人群累计发现的肠道细菌种类超过1000种，单一个体肠道内稳定定植的细菌种类通常在160~200种左右。2.目前统计的千余种细菌里，大部分对人体是无害甚至有益的。3.目前我们对肠道细菌的认知还不完整。
