肠道菌群与人的免疫系统之间存在着一种共生关系，它们之间互相影响并在某种程度上相互促进。正常情况下，肠道菌群不会引起免疫系统的攻击，而是与免疫系统一起协同作用，保持身体的健康状态。一些研究表明，肠道菌群能够促进免疫系统的发育和功能，同时免疫系统也能够帮助控制肠道菌群的数量和种类。当肠道菌群失去平衡或者某些细菌进入到其他器官中时，就可能会触发免疫系统的攻击，引起炎症和其他免疫相关疾病。
肠道的主要功能是消化吸收、屏障防护、免疫调节三个。肠道黏膜形成了一道天然防护屏障，能够阻挡食物带入的有害病菌、毒素，以及未完全分解的大分子异物进入人体血液循环，避免这些有害物质对其他器官组织造成侵害，维持身体内环境的稳定。
