豆芽发紫的原因可能是因为种子表面的紫色芽胚皮被扣掉后，其内部暴露在空气中的部分受到氧化的影响，导致被染成紫色。发豆芽的过程中如果水质不好，也可能会导致豆芽发紫。温度不适宜也有可能会导致豆芽颜色变紫。
发好的新鲜豆芽最合适的保存方式是预处理后密封放冰箱冷藏，可保存2-3天保持脆嫩新鲜，无冷藏条件可临时用凉白开浸泡短存，不建议冷冻保存。之后把包装好的豆芽放进冰箱冷藏室中层存放，尽量不要贴在冰箱内壁，避免温度过低冻伤豆芽影响口感，这样存放能保持2-3天的新鲜度。
