大部分肠溃疡经过规范治疗愈合后不会遗留严重后遗症，少数治疗不及时、溃疡反复发作的患者会出现不同类型的后遗症。
1. 肠腔狭窄与肠梗阻：深度溃疡愈合后会形成瘢痕组织，瘢痕收缩会牵拉肠壁导致肠腔缩窄，如果溃疡面积大、多发或者频繁复发，就容易留下这个后遗症，平时常会有腹胀、腹痛、排便不畅的问题，严重时会引发完全性肠梗阻，往往需要手术干预。
2. 肠粘连：如果溃疡侵犯到肠壁外层的浆膜层，溃疡愈合的过程中容易和周围的肠管、腹膜、腹腔脏器发生粘连，留下肠粘连的后遗症，多数患者会间断出现腹部隐痛，排气排便不通畅，严重时也会诱发肠梗阻。
3. **变风险升高：长期反复发作、经久不愈的肠溃疡，比如溃疡性结肠炎引发的多发溃疡、较大的腺瘤性溃疡，慢性炎症会持续刺激肠黏膜，大大增加肠黏膜发生**变的概率，最终诱发大肠**。
