肠道菌群失调大多可以通过去除诱发因素、调整饮食结构、针对性干预实现改善，多数患者能在1-2个月左右逐步恢复正常菌群状态。
1 先去除诱发因素。长期吃抗生素、免疫抑制剂、糖皮质激素是诱发菌群失调的最常见原因，要先在医生指导下停用不必要的这类药物，必须用药的话也可以调整方案降低对菌群的影响；如果是糖尿病、胃肠功能紊乱这类基础疾病引发的菌群失调，要先规范控制基础病，从源头减少对肠道菌群的干扰。
2 调整日常饮食结构。日常要减少高糖、油炸高脂、精加工肉制品的摄入，这类食物会助长有害菌繁殖；多吃全谷物、新鲜蔬果这类富含膳食纤维的食物，给肠道有益菌提供养分；也可以每天适当吃点无额外添加糖的发酵食品，比如无糖酸奶、发酵泡菜、纳豆等，额外补充天然有益菌，同时要戒烟酒，避免长期三餐不规律、暴饮暴食。
3 针对性医学干预改善。症状比较明显的患者，可以在医生指导下补充外源性益生菌，比如双歧杆菌三联活菌、乳杆菌这类常用制剂，也可以搭配补充益生元帮助自身有益菌繁殖；如果伴随严重腹泻、腹痛、便秘，还要对症用药缓解不适；对于常规治疗无效的难治性菌群失调，比如严重难辨梭状芽孢杆菌感染，可以由医生评估后进行粪菌移植治疗。
