健康成年人肠道菌群的核心优势类群参考比例为：厚壁菌门占50%~80%，拟杆菌门占20%~40%，其余所有门类的菌群加总占比不超过10%，该比例并没有绝对固定值，会随年龄、饮食、健康状态出现较大波动。
1. 健康成人的参考比例框架清晰。除了厚壁菌门、拟杆菌门两大优势类群，剩余占比不足10%的菌群里，放线菌门（代表有益菌为双歧杆菌）占1%~5%，变形菌门（包含多种条件致病菌）占比通常不到1%，剩下的梭杆菌门、蓝细菌门等占比极低，大多不到0.1%，一般不会对整体比例结构造成明显影响。
2. 不同年龄段、不同身体状态的人群比例差异明显。刚出生的婴儿肠道菌群以变形菌门和放线菌门为主，母乳喂养的婴儿体内双歧杆菌占比能达到60%以上，断奶添加辅食后，厚壁菌和拟杆菌的占比才会慢慢上升，逐渐趋近成人的比例结构；60岁以上的老年人群，厚壁菌占比会下降10%~20%，条件致病菌所属的变形菌门占比会明显升高；肥胖人群的厚壁菌与拟杆菌的比值，普遍比体重正常人群更高。
3. 日常行为会随时改变肠道菌群比例。长期饮食结构是影响比例的核心因素，常年吃高油高糖动物性食物的人，厚壁菌占比会更高，长期以全谷物素食为主的人，拟杆菌占比更高；吃完广谱抗生素后，原本的平衡比例会被完全打乱，有益的优势菌数量大幅下降，条件致病菌可能趁机占据优势；长期熬夜、压力过大也会造成菌群比例失衡，让有害菌占比异常升高。
