水培洋葱在温度适宜、操作得当的情况下，一般3-7天就会开始发芽。
1. 发芽速度受环境温度影响最明显，洋葱发芽偏好15-25℃的温度，在这个区间内活性足够，更快3天就能看到顶端萌发出白色的新芽点；如果环境温度低于10℃，洋葱生长活性降低，发芽速度会明显变慢，往往需要10天以上才会出芽，温度长期低于5℃甚至会一直不发芽。
2. 发芽快慢和洋葱本身的活性有关，选当年收获、储存过程中没有冻伤腐烂的新洋葱，本身芽点活性充足，水培后大多3-5天就能顺利发芽；如果是存放超过一年的陈洋葱，或是芽点已经受损的洋葱，活性很差，可能十几天都不会发芽，还很容易烂在水里。
3. 水培操作是否正确也会影响发芽时间，水培时只需要让洋葱的底部根部接触水面即可，放在散光通风的位置，就能帮洋葱快速出芽；如果水加太多没过整个洋葱球体，或是放在闷热密闭不通风的角落，很容易出现烂球问题，自然就没法正常发芽了。
