直肠黏膜损伤绝大多数是外源性物理刺激、肠道原发病变、医源性操作这三类因素导致的。
1. 外源性物理刺激：这是临床最常见的诱因，长期便秘人群的粪便干硬，排便时很容易划伤、撑破脆弱的直肠黏膜；除此之外，不当肛交、直肠异物插入，自行使用开塞露、灌肠工具时操作不当划伤黏膜，频繁用力排便导致腹压骤升，都可能直接造成直肠黏膜损伤。
2. 肠道本身病变刺激：直肠黏膜本身存在炎症时，比如细菌性直肠炎、累及直肠的溃疡性结肠炎，炎症会持续浸润黏膜组织，让黏膜充血水肿变脆，很容易自发破溃损伤；直肠息肉、直肠恶性**这类增生物，表面黏膜常因血供不足、粪便摩擦出现破溃损伤，部分严重内痔反复脱出摩擦，也会累及相邻直肠黏膜造成损伤。
3. 医源性操作损伤：做肛门直肠相关检查或治疗时，比如直肠指诊、电子肠镜检查、肛门直肠手术等，如果操作不当，或是患者自身黏膜质地偏脆、耐受性差，就可能造成黏膜擦伤或撕裂；另外需要长期留置肛管的患者，肛管持续压迫、摩擦直肠黏膜，也会逐步形成黏膜损伤。
