人体肠道不同部位的菌群含量整体呈现从近端到远端逐级升高的趋势，上消化道（胃、十二指肠）含量最少，越靠近下段肠道含量越高，大肠的菌群总量占全肠道的99%以上，是含量更高的肠道区段。
1. 胃与十二指肠：这个区段的pH值很低，胃酸有很强的杀菌作用，加上胃排空、肠道蠕动速度快，大部分菌群还没定植就被排出，所以菌群含量极低，每克肠内容物中细菌数量仅为10^1~10^3个，仅少量耐酸的乳杆菌、链球菌能存活在这里。
2. 空肠与回肠（小肠中下段）：经过上段肠道的缓冲，胃酸被中和，pH值逐渐回升到适合菌群生长的范围，蠕动速度也有所减慢，菌群含量开始明显升高，每克肠内容物的细菌数量在10^4~10^8个区间，常见菌群以肠球菌、埃希菌、梭菌为主。
3. 结肠与直肠（大肠段）：这里是全肠道菌群含量更高的区域，肠道蠕动速度很慢，大量未消化吸收的食物残渣滞留在此，能给菌群提供充足的营养，非常适合厌氧菌繁殖，每克肠内容物的细菌数量可以达到10^10~10^12个，总量占整个肠道菌群的99%以上，主要由厚壁菌门、拟杆菌门的各类细菌组成，我们常说的双歧杆菌、拟杆菌、Akk菌等核心功能菌群大多都定植在这里。
