急性胃肠炎临床主要需与急性细菌性痢疾、急性阑尾炎、急性胰腺炎三类疾病鉴别，具体鉴别要点如下：
1.急性细菌性痢疾：二者都存在急性腹痛、腹泻、呕吐的相似表现，但典型的急性细菌性痢疾会排出黏液脓血便，多数伴随明显里急后重感，高热、乏力等全身中毒症状也比普通急性胃肠炎更重，通过粪便培养检出志贺杆菌即可明确区分。
2.急性阑尾炎：急性阑尾炎发病早期，常会先出现上腹痛、恶心呕吐等和急性胃肠炎高度相似的症状，很容易混淆。但随着病情发展，阑尾炎的疼痛会逐渐转移并固定在右下腹，右下腹会出现固定压痛、反跳痛，做腹部超声或CT检查能发现肿大发炎的阑尾，可借此鉴别。
3.急性胰腺炎：急性胰腺炎也常以急性上腹痛、恶心呕吐起病，很多患者初发时会误当成急性胃肠炎处理。但急性胰腺炎的腹痛多是持续性加重的剧痛，还可向腰背部放射，抽血检查会发现淀粉酶、脂肪酶升高超过正常值3倍以上，腹部CT可见胰腺肿胀渗出，能明确和急性胃肠炎区分。
