肠道内的细菌种类非常多，据科学家的研究，平均每个人的肠道中可寄生约1000种不同的细菌，其中大部分属于 Firmicutes 和 Bacteroidetes 两个主要类群，另外还有 Proteobacteria、Actinobacteria、Verrucomicrobia 等多个类群。不同人的肠道细菌组成也不完全相同，因为它受到环境、饮食、遗传等多种因素的影响。人体肠道细菌的数量远远超过了人体细胞的数量，据估计每个人体内的细菌数量约为人体细胞数量的10倍。
人类所有人群累计发现的肠道细菌种类超过1000种，单一个体肠道内稳定定植的细菌种类通常在160~200种左右。2.目前统计的千余种细菌里，大部分对人体是无害甚至有益的。3.目前我们对肠道细菌的认知还不完整。
