水果萝卜因为含有一种化学物质叫做异硫氰酸酯（ITC），这种化学物质在植物受到切割或咀嚼时会释放出来，具有刺激性气味和味道。ITC会刺激口腔和喉咙部位的感受器，让人感到刺痛和辣味。所以，水果萝卜生吃会比煮熟的萝卜更辣。但ITC也具有抗菌、抗氧化、降血压和保护肝脏等多种保健功能，因此适量食用水果萝卜是有益的。
水果萝卜发苦主要是品种不纯、种植管理不当、储存不当三个原因造成的。还有不少不良商家会拿普通小萝卜冒充水果萝卜卖，本身就自带苦味。
