肠胃炎多数是微生物感染引发的，少数由饮食刺激、药物损伤、免疫异常等非感染因素导致。
1. 微生物感染，这是急性肠胃炎最常见的发病原因，轮状病毒、诺如病毒这类病毒，沙门氏菌、致病性大肠杆菌这类细菌，还有部分寄生虫都可能致病。大多是吃了被病原体污染的水、食物，或是接触了感染者后没做好手卫生，让病原体进入肠胃引发黏膜炎症反应。
2. 饮食不当引发刺激或过敏，不少轻症肠胃炎和不当饮食直接相关，比如一次性吃太多辛辣、生冷、过油的刺激性食物，暴饮暴食，或是吃了自身不耐受、过敏的食物，比如乳糖不耐受人群大量喝牛奶，对海鲜过敏人群误食海鲜等，食物刺激或是过敏反应会让肠胃黏膜充血水肿，诱发炎症。
3. 其他损伤或基础诱因，长期吃布洛芬、阿司匹林这类对肠胃黏膜有刺激性的药物，或是长期大量酗酒，都会直接损伤肠胃黏膜引发炎症；免疫力低下、长期情绪紧张应激、本身患有自身免疫性肠胃疾病，也会提高肠胃炎的发病概率，比如换季劳累时抵抗力下降，就更容易被病原体入侵发病。
