肠炎和肠溃疡的治法不完全一样，二者病理损伤程度、病因特点不同，治疗方案既有部分重叠，也有明显差异。
1. 二者存在部分基础治疗原则相同。不管是肠炎还是肠溃疡，都需要先调整生活饮食习惯，比如避开生冷辛辣、过烫过粗糙的食物，远离烟酒熬夜，腹泻明显时都需要适当补液预防脱水，有腹痛症状时都可以用解痉药物缓解不适，如果明确合并细菌感染，也都需要使用抗生素控制感染，这部分基础处理是一致的。
2. 核心抗炎治疗的方案差异较大。大多数肠炎尤其是急性感染性肠炎，以对症抗感染治疗为主，炎症消退后就能痊愈，不需要长期针对肠黏膜做特殊的修复治疗；而肠溃疡已经出现了肠黏膜的溃疡性损伤，多需要长期用专门的抗炎促黏膜愈合药物，比如美沙拉嗪这类氨基水杨酸制剂，部分特殊类型的肠溃疡（比如溃疡性结肠炎、克罗恩病导致的溃疡）还需要用到激素、免疫抑制剂甚至生物制剂，这些药物一般不会用于普通肠炎的治疗。
3. 并发症干预和随访要求差异明显。普通肠炎大多病程短，***后不需要长期复查内镜，也很少出现需要有创处理的并发症；肠溃疡因为溃疡深度较深，容易出现出血、穿孔、梗阻甚至**变，治疗过程中需要定期复查肠镜监测溃疡愈合情况，对于长期不愈合、有**变倾向或者已经出现大出血穿孔的肠溃疡，还需要内镜下治疗或者外科手术干预，这类处理基本不会用于常规肠炎的治疗。
