肠道菌群失调既可以发生在大肠，也可以发生在小肠，临床上以大肠菌群失调更为常见，小肠菌群失调也并不少见，多以小肠细菌过度生长为主要表现。
1、大肠是人体肠道菌群最主要的聚居部位，正常情况下大肠内菌群密度高、种类丰富，参与粪便形成、维生素合成等多种生理过程，同时也更容易受饮食刺激、抗生素使用、肠道炎症等因素影响发生菌群紊乱，是菌群失调最常发生的部位，常见的因菌群失调引发的腹泻、便秘、排便不规律等问题，大多都和大肠菌群失调有关。
2、小肠本身的生理环境不利于大量细菌长期定植，正常情况下小肠内菌群密度很低，只有少量过路菌，因此过去小肠菌群失调很容易被忽略。但现在临床研究发现，当存在小肠动力异常、胃酸分泌减少、肠道结构改变（比如腹部术后粘连）等问题时，远端大肠的细菌会移位进入小肠大量繁殖，引发小肠菌群失调，也就是临床上常说的小肠细菌过度生长，会引发持续腹胀、腹痛、餐后不适、脂肪吸收不良等问题。
3、两者并不是完全独立的，很多慢性肠道问题患者会同时存在大肠和小肠的菌群失调，比如长期便秘的患者，既存在大肠有害菌过度增殖，也可能因为粪便滞留、肠道动力紊乱继发小肠细菌过度生长，调理和治疗时也需要兼顾整体肠道菌群的平衡，不能只针对单一部位调整。
