适量饮用合规制作的奶茶，对健康人群的肠胃不会造成明显伤害，但过量饮用、喝不合格产品，很容易刺激肠胃，引发多种肠胃不适甚至疾病。
1. 过量的咖啡因、添加糖或代糖容易刺激肠胃黏膜，打乱肠胃运作节奏。大部分市售奶茶的咖啡因含量并不低，不少大杯奶茶的咖啡因总量能达到2-3杯黑咖啡的量，肠胃敏感的人喝了之后会促使胃酸过量分泌，本身有慢性胃炎、胃溃疡的人群很容易因此犯胃痛、胃灼烧；而奶茶普遍超高的糖分会改变肠道内渗透压，不少标注“无糖”的奶茶用的赤藓糖醇、山梨醇这类代糖，很多人的肠胃没法完全分解吸收，这两种情况本身就容易引发腹胀腹泻，如果喝的是冰奶茶，低温还会加重肠道痉挛，拉肚子的概率会更高。
2. 长期大量饮用会加重肠胃代谢负担，提升慢性肠胃问题的发作概率。一杯常规全糖奶茶的总糖、总脂肪含量，往往就已经超过成年人一餐的推荐摄入量，如果长期把奶茶当水喝，肠胃始终处于超负荷消化的状态，会慢慢弱化自身的消化功能，容易出现长期消化不良、嗳气、便秘的问题；对于本身就有肠胃基础病的人来说，持续的高糖高脂刺激还会加重原有炎症，拖慢黏膜修复的速度，让病情反反复复好不了。
3. 原料不合格、卫生不达标的奶茶很容易引发急性肠胃病症。不少小摊位、小众作坊做的奶茶，会用存放了很久的不新鲜奶浆、变质水果做原料，制作过程中器具也不经常清洁，细菌超标的情况非常常见，喝了这种奶茶很容易被有害微生物感染，直接出现上吐下泻的急性肠胃炎，体质弱的人严重了还会引发脱水。
