整体来看，胃炎比肠胃功能紊乱更严重。
1. 二者疾病性质完全不同。肠胃功能紊乱大多属于功能性疾病，胃肠本身没有发生器质性的损伤，只是蠕动、分泌功能失调，大多和情绪焦虑、饮食不规律、受凉等诱因相关，常规胃肠镜检查也看不到黏膜有明显异常；而胃炎是胃黏膜已经出现了器质性炎症病变，比如常见的充血水肿、糜烂，严重的还会有萎缩、肠化，是实实在在的组织损伤，从疾病本质上来说胃炎就更重。
2. 二者对健康的潜在威胁不同。肠胃功能紊乱的不适大多只是影响生活质量，比如偶尔腹痛、腹胀、排便不规律，基本不会引发严重并发症，也不会对胃肠造成长期不可逆的伤害；但胃炎如果放任不干预，尤其是糜烂性胃炎、萎缩性胃炎，可能进一步发展成胃溃疡、消化道出血，少数萎缩性胃炎伴不典型增生的患者，还存在**变的风险，对身体健康的潜在威胁要大很多。
3. 二者治疗和预后差异明显。肠胃功能紊乱大多不需要特殊的药物治疗，很多人调整情绪、规律饮食作息就能自行缓解，就算用药也只是对症调理，预后很好不会留下后遗症；而胃炎尤其是慢性萎缩性胃炎，需要长期规范用药治疗，还要定期复查胃肠镜监测变化，部分已经出现肠化、不典型增生的患者，甚至需要内镜下干预，治疗周期长，干预不及时预后会更差。
