肠道有益菌群增多总体对健康益处很多，只有极少数特殊情况可能引发轻微不适，自然状态下的有益菌群增多几乎不会给身体带来负面影响。
1. 首先最直接的是改善肠道本身的功能。有益菌可以抢占有害菌的生存空间，阻止有害菌破坏肠黏膜，还能帮着分解人体没法直接消化的膳食纤维、抗性淀粉这类营养，产生对肠道有益的短链脂肪酸，既能促进肠道蠕动让排便更规律，改善便秘、反复拉肚子的问题，还能帮身体合成维生素B族、维生素K这类必需营养，提升整体消化吸收效率。
2. 对肠道外的全身健康也有很多正向帮助。肠道是人体z大的免疫器官，七成以上的免疫细胞都集中在肠道，有益菌群增多会刺激免疫细胞保持活性，能提升人体抵抗力，降低呼吸道感染、肠道感染的概率；同时有益菌还能调节代谢，减少身体对胆固醇、葡萄糖的过量吸收，对控制体重、稳定血糖血脂都有帮助；现在也已经证实肠道菌群会通过肠脑轴影响大脑状态，有益菌群充足的人，出现焦虑、低落情绪的概率也更低。
3. 只有极特殊情况可能出现不适。比如短时间内过量服用外源性益生菌，导致有益菌群突然暴增，本身肠道敏感度又高的人，可能会出现一过性的腹胀、排气增多，这种一般调整后很快就能缓解；只有本身存在严重免疫缺陷、长期服用免疫抑制剂的特殊人群，才会有极低概率出现移位感染的风险，日常饮食调理养出来的有益菌群增多，完全不会碰到这种问题。
