大肠内的菌群主要可分为有益菌、条件致病菌、致病菌三大类。
1 有益菌：这是维持肠道健康的核心菌群，常见的有双歧杆菌、乳酸菌、枯草杆菌等，这类菌群能帮助分解肠道内未被消化的碳水化合物、合成B族维生素等人体所需的营养物质，还能挤压有害菌的生存空间，维持肠道酸碱平衡与肠屏障功能，帮助提升肠道免疫力。
2 条件致病菌：属于大肠的常在菌群，常见的有大肠杆菌、肠球菌等，正常状态下它们的繁殖被有益菌压制，数量维持在安全范围，不仅不会致病还能参与部分肠道代谢；但如果长期滥用抗生素、饮食结构紊乱导致肠道菌群失衡，它们就会大量增殖引发感染、炎症等问题。
3 致病菌：这类菌群大多不是大肠的常驻菌群，一般通过被污染的食物、水进入肠道，常见的有沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、肉毒杆菌、产气荚膜梭菌等，它们进入大肠后一旦大量繁殖，会直接释放毒素，引发急性肠炎、腹痛腹泻、食物中毒等病症。
