豆芽发绿通常是因为它们暴露在光照下，而又缺乏足够的水分和适当的通风。这会导致豆芽的生长缓慢，同时也会导致豆芽变绿色，因为它们会产生一种叫做叶绿素的绿色色素。在发豆芽时，应该保持适当的湿度和通风，并避免暴露在光照下，以防止其变绿。
发好的新鲜豆芽最合适的保存方式是预处理后密封放冰箱冷藏，可保存2-3天保持脆嫩新鲜，无冷藏条件可临时用凉白开浸泡短存，不建议冷冻保存。之后把包装好的豆芽放进冰箱冷藏室中层存放，尽量不要贴在冰箱内壁，避免温度过低冻伤豆芽影响口感，这样存放能保持2-3天的新鲜度。
