胃肠功能紊乱是现代医学范畴的消化系统功能性疾病，梅核气是中医范畴的郁证类病症，二者是完全不同的两种问题，在疾病范畴、核心表现、诊疗方向上都有本质区别。
1、疾病范畴与定义不同。胃肠功能紊乱是现代医学对一类胃肠功能性异常疾病的统称，包含功能性消化不良、肠易激综合征、功能性便秘等多种病症，病变核心在胃肠道本身；而梅核气是中医的病证名，属于郁证的一种，现代医学多对应咽部神经官能症，病变核心和情绪精神因素相关，大多不涉及胃肠道本身的器质性或功能性异常。
2、核心临床表现不同。胃肠功能紊乱的症状全部集中在胃肠及腹部，常见表现有反酸嗳气、上腹部胀痛、食欲下降、便秘腹泻交替、腹部坠胀肠鸣等，以消化功能异常为核心；梅核气的核心症状是咽喉部异物感，患者总感觉嗓子里卡了东西，咳不出也咽不下，反而在进食、喝水的时候异物感会明显减轻，一般不会出现腹部消化异常的症状，只有少数长期肝郁的患者可能同时合并胃肠功能紊乱，二者的核心感受区别很大。
3、发病机制与治疗方向不同。胃肠功能紊乱的发病和饮食刺激、肠道菌群失调、胃肠动力障碍、内脏高敏感都有关系，虽然情绪也会影响它，但治疗核心是调节胃肠功能，比如调整饮食、改善胃肠动力、补充益生菌等，主要针对胃肠起效；梅核气基本都是长期情志不遂、肝气郁结不畅导致的，也就是长期焦虑、憋闷、压力大攒出来的问题，治疗核心是疏肝理气解郁，多数还需要配合情绪疏导、压力调节，不需要针对胃肠用药。
