生蚝本身就是牡蛎的一个品类，二者不存在物种层面的本质区别，只是市场流通中为了区分品相、规格形成了不同叫法。
1. 规格叫法的区分习惯不同，国内市场一般会把人工养殖、个头大、肉厚饱满的牡蛎品种叫做生蚝，那些个头偏小、自然生长或者普通野生的牡蛎，多数地区还是习惯叫牡蛎，本质都属于牡蛎科牡蛎属的生物，并不是两种完全不同的物种。
2. 食用场景和定位不同，被叫成生蚝的大牡蛎，口感更细嫩鲜甜，很多达到生食标准的品种可以直接做刺身，日常也常做蒜蓉烤生蚝、生蚝火锅这类主打菜品，而普通小牡蛎肉量少，更多用来提鲜、做蚝豉或者熬汤，定位更偏向家常提鲜辅料，价格也比生蚝低很多。
3. 养殖方式和成本不同，市面上的生蚝大多是深海浮筏吊养，生长海域水质干净，生长周期普遍在1-2年，养殖过程中还要定期分选育肥，成本比滩涂野生或半养殖的普通牡蛎高很多，成品的口感和品质差异也比较大，久而久之就形成了两种不同的叫法。
