肠胃功能性紊乱不是慢性胃炎，二者是完全不同的两种疾病。
1、疾病性质不同。肠胃功能性紊乱属于功能性疾病，做胃肠镜等检查不会发现肠胃黏膜有明确的器质性病变，只是肠胃的运动、分泌调节功能出现了异常；而慢性胃炎属于器质性胃部疾病，胃镜下可以看到胃黏膜存在充血、水肿、糜烂甚至萎缩等明确的炎症改变，病变是客观存在的实质性损伤。
2、累及范围和发病诱因不同。肠胃功能性紊乱可累及胃、肠整个消化系统，发病多和情绪焦虑抑郁、饮食不规律、压力过大、腹部受凉等因素相关；慢性胃炎只局限于胃部，发病主要和幽门螺杆菌感染、长期服用刺激胃黏膜的药物、长期酗酒、高盐饮食等因素相关。
3、治疗方向不同。肠胃功能性紊乱以生活调理和对症缓解为主，多数患者通过调整情绪、规律作息饮食，配合适当用一些调节菌群、改善胃肠动力的药物就能控制症状，不需要特殊的抗炎抗损伤治疗；慢性胃炎需要针对病因干预，比如幽门螺杆菌阳性的患者需要规范杀菌，还要根据胃黏膜损伤情况用抑酸药、胃黏膜保护剂，部分萎缩性胃炎患者还需要定期复查胃镜监测病变进展。
