明确能改变肠道菌群的有效干预措施，主要分为基础饮食调整、微生态补充干预、临床医疗干预三类，不同方式适用场景不同。
1. 饮食调整。这是对肠道菌群影响最持久、最基础的干预方式，肠道菌群的生存完全依赖我们吃进去的食物，长期的饮食结构直接决定了菌群的整体组成。比如日常保证足够的膳食纤维摄入，多吃全谷物、新鲜果蔬、菌藻、坚果，就能给双歧杆菌、产丁酸菌这类有益菌提供养料，促进它们增殖；减少高糖、高脂、过度加工食品的摄入，就能抑制有害促炎菌的繁殖，慢慢调整菌群整体结构，我们常说的地中海饮食能改善代谢，很大一部分就是通过调整肠道菌群实现的。
2. 微生态补充干预。这种属于更直接的定向调整方式，常见的分为几类：外源性补充益生菌，既可以通过吃无糖发酵食品（比如无糖原味酸奶、开菲尔、纳豆）补充，也可以吃针对性的药用益生菌制剂，直接给肠道补充外援有益菌；补充益生元，相当于给肠道本身的有益菌提供“口粮”，常见的比如低聚果糖、菊粉、抗性淀粉，适合本身有益菌数量不算特别少，只是缺乏生长养料的情况；还有后生元，是灭活的益生菌或其代谢产物，刺激性更小，肠胃敏感不耐受活菌的人群也可以用。
3. 临床医疗干预。这类主要针对严重肠道菌群失调的人群，比如难治性难辨梭菌感染、重度炎症性肠病、小肠细菌过度生长等问题。目前应用比较成熟的是粪便微生物移植（FMT），就是将健康供体经过严格筛选的正常肠道菌群移植到患者肠道内，快速帮助患者重建健康的菌群结构；还有针对性的抗生素干预，只在明确有害菌过度增殖的情况下使用，可以快速抑制有害菌，但绝对不能滥用，否则会一并杀死有益菌，反而加重菌群紊乱；另外现在也有不少靶向调控肠道菌群的新型药物在逐步应用，也属于这类医疗干预的范畴。
