豆芽发苦的主要原因是因为发芽的过程中，如果水分不足或温度过高，就会导致豆芽发酸、发苦。如果豆子在保存过程中被污染或受到细菌感染，也会导致豆芽发苦。如果发现豆芽已经发苦了，不要食用，以免对身体造成不良影响。
发好的新鲜豆芽最合适的保存方式是预处理后密封放冰箱冷藏，可保存2-3天保持脆嫩新鲜，无冷藏条件可临时用凉白开浸泡短存，不建议冷冻保存。之后把包装好的豆芽放进冰箱冷藏室中层存放，尽量不要贴在冰箱内壁，避免温度过低冻伤豆芽影响口感，这样存放能保持2-3天的新鲜度。
