汤圆变红基本都是被产色素的微生物污染变质导致的，属于不可食用的变质现象，只有极少数情况是正常配料染色。
1，染菌基本都来自原料或存储制作环节。做汤圆的糯米粉、甜馅料本身淀粉和糖分含量高，如果原材料存放时受潮，或是制作过程中接触了不干净的容器，做好的生汤圆没有及时密封冷冻储存，很容易就会沾染上环境中天然存在的红酵母菌这类会产色素的微生物。
2，汤圆本身的特质适合微生物繁殖产色。汤圆水分含量高，又有充足的糖分和淀粉做养分，不管是放在室温环境、冷藏存放过久，还是反复解冻化冻的速冻汤圆，都能让已经侵入的红酵母快速大量繁殖，这类微生物在繁殖过程中会分泌出红色的代谢色素，慢慢就会让汤圆局部或整体变成红色。
3，极少数的正常变红是配料渗色导致。如果汤圆内馅加了红曲粉、红心火龙果或者含量较高的紫薯，馅料里的天然色素会慢慢渗透到外层的糯米皮上，让糯米皮染上淡红色，这种情况的红色均匀偏淡，闻着没有异味，属于正常情况，不过这种情况非常少见。
