肠道菌群失调可以结合患者的病史诱因、症状表现、粪便菌群相关检查，同时排除其他症状相似的肠道疾病后确诊。
1. 病史与症状初筛。医生首先会确认有没有发病相关诱因，比如是否长期滥用抗生素、糖皮质激素，本身有没有免疫缺陷、慢性胃肠道基础病，近期有没有做过胃肠道手术、放化疗等；再结合典型症状做初步判断，大多数患者会出现反复腹泻、腹胀、腹痛，部分人会有便秘腹泻交替的情况，严重的菌群失调还可能伴随发热、乏力、脱水等全身表现。
2. 粪便菌群相关检查明确异常。这是确诊的核心依据，最常用的是粪便涂片镜检，通过观察粪便中球菌和杆菌的比例判断，正常情况下肠道杆菌占比更高，如果球菌占比异常升高，就提示菌群平衡被打破；更精准的是粪便16S rRNA菌群测序，可以直接检测出肠道菌群的多样性变化，明确有没有有益菌减少、条件致病菌过度增殖的情况；部分怀疑有特殊致病菌感染的患者，还会做粪便培养，排查艰难梭菌等致病菌过度繁殖的问题。
3. 排除其他相似疾病。很多肠道疾病的症状和肠道菌群失调重合度很高，比如肠易激综合征、炎症性肠病、肠道息肉或**、乳糖不耐受等都可能引发腹泻、腹胀，所以需要结合血常规、肠镜、乳糖耐受试验、**标志物等检查排除这些疾病后，才能最终确诊肠道菌群失调。
