慢性功能性便秘是指有长期的便秘史，但是检查肠镜等排除了肠道的器质性病变。主要是由于心理作用，精神社会因素等功能性因素导致的便秘，需要通过饮食，作息，排便习惯以及心理等调节。如果不能有效改善，还需要结合抗抑郁药物调理，尤其是精神症状相对明显者，比如经常出现头晕，头痛，焦虑，抑郁等，还可以结合心理疗法有效促进病情恢复。
用泻药和抗生素来对付便秘和腹泻已经害死了很多人，国际社会对滥用泻药和抗生素已经进行了批评，称这种行为是不负责任，是不道德的，便秘腹泻及提高人体免疫力关键在于改善肠道微生态，提倡便秘腹泻患者使用对人体没有任何毒副作用的微生态制剂。
