低聚果糖一般不会导致肥胖。低聚果糖关键以蔗糖、菊苣和菊芋为原料生产，是混合物，含有蔗糖、葡萄糖和果糖等非功能性成分，少量食用不会导致肥胖。低聚果糖帮助小于1周岁的孩子消化吸收钙，帮助小于1周岁的孩子健康生长。低聚果糖是很好的营养物质，通常对人体的健康不可能有很大的作用，但过量使用大概会导致胃肠道负担，会导致身体功能降低。
也就是说，低聚糖是有益菌的食物配给和营养供给，不会产生不良反应和过敏反应。有药物过敏史或敏感体质并对某些食物过敏的婴儿，同样可以安全食用低聚糖来保护肠胃。
