目前还无法确定肠道菌群具体有多少种。根据研究人员的估计，肠道菌群中可能存在数千种不同的细菌物种，其中大部分是未被发现或未被描述的。不同人群的肠道菌群组成也存在差异，具体种类数量也可能有所不同。
人类所有人群累计发现的肠道细菌种类超过1000种，单一个体肠道内稳定定植的细菌种类通常在160~200种左右。2.目前统计的千余种细菌里，大部分对人体是无害甚至有益的。3.目前我们对肠道细菌的认知还不完整。
